Деревня Шишкино впервые упоминается в документах ревизии 1782 года. Многие из жителей деревни носили фамилию Шишкины, от чего и пошло название. По данным ревизии 1795 года в деревне проживали 35 мужчин и 43 женщины. 4
По епархиальным сведениям 1911 года в деревне Шишкино числился 41 крестьянский двор.
Деревня носит название от ее первых основателей - рода Шишкиных. 3